上のボトルの水に空気の通り道を作ることで水が下へ抜けるので、ボトルを勢いよく振って渦を作ることがコツです。
下記３点についてご確認ください。

1.水が入っているボトルは上のほうにあるか
2.規定量の水をボトルに入れたか
→理論上水の量が多くても少なくても竜巻はできますが、水が多いほうができやすい傾向です。
3.素早く振っていたか
→渦ができるまでボトルを縦に素早く振る必要があります。また、渦ができたら、ボトルをまっすぐ持つようにすればうまくいく可能性が高いです。